本校於民國85年創校，體育活動組始於93學年度經校務會議通過並報部設立之，置於學生事務處下，為行政單位，專責體育行政相關業務，設組長一人，以襄助本組體育行政業務之推行，且依相關法令，學生事務長由 校長聘任之，綜理體育行政業務相關事宜。 自95學年度起，材質創作與設計學系新設立之因，本校日間大學部學生人數漸增，從95學年度的708人增為99學年度的873人，4年內增加165人，為積極有效整合體育行政與教學，體育中心經本校98學年度第2學期校務會議通過並報部設立之，並依本校組織規程第四條規定訂定『國立臺南藝術大學共同教育委員會體育中心設置準則』，設置「國立臺南藝術大學共同教育委員會體育中心」（簡稱體育中心，Physical Education Center, PEC），置於共同教育委員會下，為教學單位，設體育中心主任1人，由 校長聘請助理教授以上資格之專任教兼任之，屬二級單位。